Iako se probiotici smatraju korisnima za zdravlje, kod nekih ljudi početno uzimanje ovih mikroorganizama može uzrokovati niz neugodnih simptoma. Kada prvi put uzimaju probiotike, neki ljudi mogu iskusiti simptome kao što su nadutost, dijareja, glavobolja, groznica, bol u mišićima, magla u mozgu i moguće anksioznost. Smatra se da su ovi simptomi odgovor na promjene koje se dešavaju u tijelu, kao što je nestanak potencijalnih patogena ili reaktivacija crijevnih odgovora, fenomen koji se ponekad naziva "Herxheimerova reakcija".
Herxheimerova reakcija je početni odgovor koji obično ukazuje da se tijelo prilagođava novom mikrobnom okruženju. To može biti zbog interakcije probiotika s postojećom mikrobnom zajednicom, uzrokujući smrt bakterija ili oslobađanje metabolita koji pokreću ove simptome. Iako je neugodna, ova reakcija je obično kratkotrajna i brzo jenjava. Može se smatrati dijelom tjelesnog procesa homeostaze.
Ovo obično pogađa samo mali broj ljudi, a simptomi su blagi i obično traju samo nekoliko dana do nekoliko sedmica. Ako vam ovi simptomi izazivaju nelagodu, možete smanjiti dozu ili je prestati koristiti nekoliko dana prije nego što pokušate ponovo; ako ovi simptomi traju duže od nekoliko sedmica, prestanite da ga koristite; ako imate kratak dah, stegnuto grlo, koprivnjaču ili druge simptome alergijske reakcije, odmah prestanite da ga koristite. Kako bi se smanjila mogućnost nuspojava, posebno za one s osjetljivim probavnim sustavom, mudro je početi s malom količinom probiotika, a zatim povećati dozu kroz nekoliko sedmica.
Probiotike je potrebno koristiti s posebnim oprezom kod osoba s teškim imunološkim nedostacima, jer u rijetkim slučajevima gutanje probiotika može dovesti do infekcije. To je zato što imunološki sistem ne može efikasno kontrolirati proliferaciju mikroorganizama u tijelu, što uzrokuje rizik od infekcije.
Neki ljudi mogu imati alergijske reakcije na određene vrste probiotika, posebno na kvasce povezane sa Saccharomyces boulardii. Druge vrste probiotika, kao što su laktobacili, uglavnom ne izazivaju alergijske reakcije.
Neki probiotici mogu proizvesti histamin u probavnom traktu. Prekomjerno oslobađanje histamina može uzrokovati simptome kao što su svrbež, povećano lučenje suza, curenje iz nosa, otežano disanje, crvenilo i oticanje, posebno kod osoba s intolerancijom na histamin. Izbjegavajte ove probiotičke sojeve kako biste spriječili nelagodu.